Pada masa pasca-kemerdekaan, Departemen Perhubungan bertanggung jawab atas masalah perhubungan di Indonesia, sedangkan tugas Departemen Pekerjaan Umum mempunyai tugas menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang pekerjaan umum untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan pemerintahan negara. Mulai dari kemerdekaan hingga pengakuan kedaulatan Belanda atas RIS pada tahun 1949, Departemen Perhubungan memiliki kewenangan dalam mengatur semua aspek perhubungan di Indonesia, termasuk laut, udara, darat, perkeretaapian, pos, telegraf, dan telekomunikasi. Setiap sektor ini diurus oleh jawatan-jawatannya sendiri di bawah struktur organisasi Departemen Perhubungan.

Departemen Perhubungan pada periode 1945-1949 menempatkan fokusnya pada perhubungan darat karena sektor laut dan udara masih belum optimal. Angkatan laut memiliki keterbatasan karena mayoritas wilayah lautan Indonesia dikuasai oleh tentara sekutu, termasuk Belanda. Perkeretaapian menjadi perhatian utama dalam mengelola perhubungan darat pada masa itu karena jaringan angkutan darat lainnya seperti bus, truk, mobil dapat dikatakan tidak ada karena semua alat angkut bermotor masih dikuasai 1945 - 1949 Fokus Utama Pengelolaan Departemen Perhubungan Jepang. Dalam masa Demokrasi Liberal, terjadi perubahan kelembagaan dengan pembentukan Departemen Perhubungan Laut di bawah Kabinet Djuanda, memisahkan urusan laut dari Departemen Perhubungan. Untuk menguasai pelayaran, pemerintah mendirikan PT Pelayaran Nasional Indonesia (Pelni) pada tahun 1952, dengan 16 kapal dimiliki oleh Perpuska serta 45 kapal baru yang dibeli oleh PT Pelni.